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Il naît à Toulouse le 18 septembre 1961. Il fut tout d’abord un enfant inspiré par le dessin. À 5 ans, il veut devenir dessinateur professionnel. Encouragé par son professeur, il a le droit de rester à part des autres élèves pour dessiner de grandes aquarelles. Mais à 8 ans, il écrit, dans le cadre d'un travail scolaire, l'histoire d'une puce se promenant sur un corps humain, ce qui le fait dévier de son rêve original : dès l’âge de 13 ans, il fait ses premières armes en écrivant des histoires pour un fanzine, mais aussi tout au long de sa scolarité il se consacre à la lecture ainsi qu’à l’écriture en montant un journal pour son lycée qu’il nomme Euphorie. Après son bac, il commence l’écriture des Fourmis d’après un scénario de sept pages pour en faire, avec Fabrice Coget, une bande dessinée. C'est à cette époque qu'il met en place une discipline d'écriture qu'il continue à pratiquer aujourd'hui : 4 heures d'écriture tous les matins. Après ses études en criminologie à Toulouse et de journalisme Ã  l'ESJ de Paris, il devient pigiste dans plusieurs journaux (L'Événement, Le Point, VSD, Ã‡a m'intéresse, Libération, Le Nouvel Observateur). puis journaliste scientifique de 1983 à 1990 au Nouvel Observateur. Il reçoit en mars 1983 de la part du Prix de la Fondation News du meilleur jeune reporter une bourse pour un reportage en Afrique (au Centre Ecotrope de Lamto), en Côte d'Ivoire, pour suivre les fourmis Magnans, où il ira avec le professeur Leroux, et suivra d'immenses colonies de fourmis en migration. Il rédige aussi des billets d'humour dans le magazine Eurêka. De ces années lui vient son goût pour la science, qu’il mêle avec ses thèmes favoris, tels que les fourmis, la mort, ou les origines de l’humanité. Sélectionné en 1990 en finale du prix Mumm du meilleur article de l'année pour un reportage sur Singapour, la ville ordinateur, il est licencié par ses supérieurs jaloux de son succès[réf. nécessaire]. Il s'ensuit une période de chômage. Il profite alors de son temps libre pour apprendre le métier de scénariste de cinéma à l'INA.

Après douze années de démarchage infructueux d'éditeurs, Bernard Werber est finalement repéré par Olivier Orban puis par Albin Michel. Au sortir d'une longue tractation où les enchères montent rapidement, Albin Michel  décide de publier son roman sur les fourmis, dégraissé, mettant à profit ses connaissances scénaristiques pour la construction et auquel il rajoute les articles de l'Encyclopédie du savoir relatif et absolu.

Il publie donc son premier roman, Les Fourmis, en mars 1991. Ses Å“uvres ont été traduites en trente-cinq langues. Avec 30 millions d’exemplaires vendus dans le monde, Bernard Werber est, avec Marc Levy, l'un des auteurs français contemporains les plus lus au monde. Il est même considéré comme une star en Corée du Sud, pays où il vend davantage qu'en France, et a reçu un accueil très enthousiaste en Russie.

À la suite du livre L'Arbre des possibles, il a lancé le site Web du même nom, un « projet pour rechercher ou imaginer les futurs possibles de l’humanité Â». Il réalise en outre trois courts métrages : La reine de nacre en 2001, Nos amis les humains en 2003 et Ã€ dormir debout en 2016. Le premier long métrage de cinéma réalisé par Bernard Werber, Nos amis les Terriens, est sorti en avril 2007, produit par Claude Lelouch.

Bernard Werber est membre du collectif d'écrivains français La Ligue de l'Imaginaire créé en 2008. Il a récemment mis en place un one man show, et réalise régulièrement des master class autour de l'écriture.

Il est, depuis janvier 2019, sociétaire de l’émission radiophonique Les Grosses Têtes, sur la radio RTL.

Il a deux fils, et une fille, et il est actuellement avec une compagne à laquelle il a dédié son roman Le Sixième Sommeil. 

Son style d’écriture mêle différents genres, notamment la saga d’aventure, la science-fiction, de l’entre-deux-guerres et le conte philosophique.

Dans la plupart de ses romans, Bernard Werber utilise la même forme de construction, alternant des articles informatifs d’encyclopédie et deux ou trois fils narratifs. Les articles précisent ou élargissent les intrigues, ces deux dernières se recoupant épisodiquement.

De plus, toutes ses productions, par exemple ses romans et ses nouvelles, s’entrecroisent. On retrouve ainsi des personnages comme Edmond Wells Ã  la fois dans la trilogie des Fourmis et dans L'Empire des anges, mais également des thèmes récurrents, comme « l’Arbre des possibles Â» d’Isidore Katzenberg, ou encore le roman Nous les dieux, reprenant des éléments de la nouvelle L’École des jeunes dieux.

Dans deux romans, Bernard Werber décrit des auteurs de littérature. Ainsi sont présentés des auteurs qui, à la fin de leur vie, écrivent un dernier livre qui donne un sens à l’œuvre entière de Werber. En ayant préalablement noté une certaine similitude des personnages, des thèmes et du style de son œuvre, on peut en conclure qu'il essaye de donner une certaine cohérence aux idées qu’il développe.

Depuis 1996, Bernard Werber a décidé de sortir un livre par an, chaque début d'octobre, avec à ce jour deux exceptions : 1999 et 2011, où ne sont sorties que des bandes dessinées. Après la rentrée littéraire, l’objectif est de « proposer au public autre chose que de possibles prix Goncourt Â».

Bernard Werber est membre d'honneur de l'Institut de recherche sur les expériences extraordinaires, une association ayant pour vocation la sensibilisation des professionnels en santé mentale, des médecins et des soignants en général, aux expériences extraordinaires ou inhabituelles.

« Il est temps de sortir des clivages bipolaires habituels avec un monde officiel et un monde irrationnel. Il y a des faits, il y a des événements et il importe d’en parler normalement sans passion, ni exclusion systématique. Le monde n’est pas dans une simple dichotomie « j’y crois — j’y crois pas Â». Il y a la place pour une troisième voie qu’on pourrait résumer à une phrase : « je ne peux pas encore l’expliquer mais ça ne m’empêche d’y réfléchir et de voir si cela ne pourrait pas avoir une utilité.  Â»

— Bernard Werber, Soutien à l'INREES

Cette approche se reflète dans le contenu de ses romans, tels que par exemple Les Thanatonautes qui propose une version spiritualiste des expériences de mort imminente, ou encore Nos amis les humains (une pièce de théâtre) qui raconte un récit d’enlèvements par les extraterrestres. La science, le paranormal et la spiritualité influencent ainsi nombre de ses romans.

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